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L'éthique en expérimentation animale est une préoccupation importante des équipes de l'Herbipôle. C'est également une obligation réglementaire à laquelle l'unité a répondu dès avant la mise en place des textes officiels au sein d'INRAE.

Chaque agent de l'Herbipôle a suivi une formation de base lui permettant d'être habilité selon ses fonctions et son niveau de formation initiale. Ces compétences sont entretenues régulièrement grâce à la participation des agents à différents colloques et écoles techniques, relatifs à l'éthique et au soin des animaux en expérimentation. Sept agents sont habilités comme « concepteurs de protocoles expérimentaux » (niveau 1), ce qui leur permet de créer et diriger la conduite de protocoles expérimentaux en toute autonomie.

Une Structure Bien-Être Animal (SBEA) est en place sur chaque site de l'Herbipôle. Elle est composée de personnes chargées des soins aux animaux, du vétérinaire sanitaire qui suit les troupeaux et d'un ingénieur habilité niveau 1. Cette structure est chargée de conseiller l'ensemble des personnes intervenant sur les animaux en matière de bien-être animal, mais aussi de veiller à ce que les protocoles soient appliqués dans le respect de l'éthique animale.

Les installations sont agréées par le Ministère en charge de l'enseignement supérieur et de la recherche. Des visites de conformité ont lieu régulièrement sur les différents sites, au gré des modifications et édifications de nouveaux bâtiments.

Avant d'être mis en place sur l'Herbipôle, les protocoles sont analysés afin de vérifier s'ils entrent dans le champ de la réglementation sur l'expérimentation animale. Si oui, l'unité accompagne les concepteurs de projet dans la soumission de leur protocole au Comité d'Éthique, dépose les dossiers sur la plateforme ministérielle et suit l'avancée du processus d'agrément jusqu'à l'obtention de la notification de décision du Ministère.