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Plate-forme d'Exploration du métabolisme : des gènes aux métabolites

https://www.clermont.inra.fr/plateforme_exploration_metabolisme

Analyse de Données

Spectre LCMS en 3D
La PFEM avec ses ressources propres en statistiques et en bioinformatique prend en charge l
  • Extraction Alignement des données :

Pour extraire les ions détectés par les appareils de spectrométrie de masse et pour les aligner dans l’ensemble des échantillons, nous utilisons :
-> des logiciels propriétaires (exemple : Markerlynx, Waters© )
-> des solutions open source comme XCMS, dont l’utilisation se généralise actuellement en métabolomique.
 

  • Analyses statistiques :

La phase d’extraction produit de plusieurs centaines à plusieurs milliers d’ions. Ces ions définissent les variables statistiques avec plusieurs niveaux d’information. Un ensemble d’ions corrélés correspond à un métabolite. On peut étudier ces liens avec l’analyse des matrices de corrélations et les méthodes de clustering.
On étudie ensuite l’influence du protocole biologique sur les ions identifiés par des techniques univariées comme l’analyse de la variance et par des techniques multivariées : Analyse en composantes principales (ACP) et PLS discriminante (PLS-DA). L’ensemble des ces techniques visent à mettre en évidence les ions ou les combinaisons d’ions dont les intensités varient significativement en fonction du protocole biologique et peuvent être considérés à ce titre comme des biomarqueurs potentiels. Les logiciels utilisés actuellement sont :
-> SAS© v9 (Sas Institute Inc. Cary, NC, USA) pour toutes les analyses univariées et clustering.
-> SIMCAP© v12  (Umetrics, Umea, Sweden) pour les ACP et PLS.