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Menu Bienvenue sur la plate-forme 'Exploration du Métabolisme' uca logo metabohub logo IA @PFEM Ibisa

Plate-forme d'Exploration du métabolisme : des gènes aux métabolites

https://www.clermont.inra.fr/plateforme_exploration_metabolisme

Analyse protéomique

Biochimie

  • Purification de l’échantillon (Zip Tip, CutOff)
  • Enrichissement (colonne spécifique pour l’étude du Phosphoprotéome)
  • Fractionnement (HPLC couplée à un robot de collecte, Proteineer fc (BRUKER))

Spectrométrie de masse

  • Identification par carte peptidique massique (MALDI-TOF/TOF (Autoflex Speed by Bruker)
  • Identification, Caractérisation, Quantification par nanoLC-ESI-IT-MS/MS (Ultimate3000-LTQVelos by ThermoScientific)
  • Imagerie par spectrométrie de masse sur coupe histologique (IMS by Autoflex Speed)

Bioinformatique

  • Banques de données protéiques "a façon"
  • Logiciels d’identification (Mascot, Peaks, Xtandem!)
  • Logiciels de quantification label free (LC-Progenesis)

Spectromètre de masse MALDI-TOF/TOF

  • MALDI-TOF/TOF Autoflex Speed (BrukerLaser : Smartbeam Nd:YAG à 355 nm, 1000 Hz

Gamme de masses : 0 – 300000 m/z (pour des protéines purifiées)
Résolution en mode Réflectron : 30000 pour un peptide de 3147 Da
Résolution en mode Linéaire : 1200 pour une protéine de 12361 Da
Précision en mode Reflectron : 3 ppm pour un peptide à 1619 Da (calibration externe)
Précision en mode linéaire : 46 ppm pour une protéine de 12361 Da (calibration externe)
Sensibilité : qqs fmol pour des peptides
Modes de fragmentation : LIFT (peptides), ISD (protéines), CID (peptides)
Automatisation possible des acquisitions en MS et MS/MS)

Spectromètre de masse MALDI-TOF/TOF
Spectromètre de masse MALDI-TOF/TOF

 
ESI-IT MSMS LTQ Velos (ThermoScientific)

  • Chaîne nano-LC Ultimate 3000 (DionexElle peut être utilisée en configuration 1D, 2D online ou 2D offline

Colonnes en phase inverse et échangeuse de cation disponibles, pour la séparation de peptides ou de protéines
Débit micro-pompe : 20 à 50 µL/min
Débit nano-pompe : 300 nL/min
Passeur d’échantillon : WPS-3000PL thermostaté, collecte automatisée de micro-fractions sur plaque 96 puits)

esi-it

  • Nano LC-ESI-Trappe

Gamme de masse:

• m/z 15 – 200

• m/z 50 – 2000

• m/z 200 – 4000

Résolution

• 0.05 FWHM

• MSn, n = 1 à 10

LCQ DECA

Robotisation :

  • Proteineer fc II (Bruker) : Couplage LC-MALDI

Ce robot permet de coupler la chaîne nanoLC Ultimate 3000 (Dionex) avec le MALDI-TOF/TOF Autoflex Speed (Bruker)
Seringue interne utilisée pour dispenser la matrice
Cibles utilisées : principalement AnchorChip, possibilité d’utiliser des cibles sur lesquelles la matrice est déjà déposée (cibles PAC)

proteiner

  • ImagePrep (Bruker) : Imagerie-MALDI

Dépôt automatique de la matrice sur des échantillons destinés à être analysés par imagerie MALDI
Méthode de dépôt : spray par nébulisation piézoélectrique
Taille des gouttes : 20 µm en moyenne
Résolution : 50 µm

prep