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Menu Bienvenue sur la plate-forme 'Exploration du Métabolisme' uca CNOC Ibisa metabohub IA

Plate-forme d'Exploration du métabolisme : des gènes aux métabolites

https://www.clermont.inra.fr/plateforme_exploration_metabolisme

Analyse transcriptomique

La composante transcriptomique de la plate-forme dispose de différents appareils permettant de :

  • doser et analyser la qualité des échantillons ADN et ARN.
  • réaliser des analyses par microarrays (hybridation des lames et acquisition des données).
  • réaliser des analyses par PCR en temps réel en format microplaque 96 ou 384 puits ou format « TLDA » (carte microfluidique) ainsi qu’en capillaire.

Les appareils suivants sont dédiés aux mesures de concentration et permettent de vérifier la qualité des échantillons d’ARN (marqué ou non), d’ADN ou protéiques pour des microvolumes ou les concentrer :

Nanodrop
Le NanoDrop ND-1000, spectrophotomètre UV/Visible, permet la mesure, sur 1 µl d'échantillon, de la concentration en acides nucléiques (ARN/ADN, linéaire entre 5 ng/µl et 3 µg/µl), en sondes Cy3 ou Cy5, en protéines et la mesure de densités cellulaires.

nanodrop

BioAnalyser Agilent
Le BioAnalyzer Agilent permet de quantifier et de réaliser des contrôles qualité (intégrité) d'ARN, ADN et protéines, pour des microquantités (50 ng) et des microvolumes (1µl).

BioAnalyser Agilent

Concentrateur sous vide miVac genevac
L’évaporateur concentrateur miVac permet l’évaporation des solvants et des petites quantités d’ADN par centrifugation sous vide.

concentrateur

Pour hybrider les échantillons sur lames et acquérir les images correspondantes :

Four AGILENT
Le Four AGILENT sert pour l'étape d'hybridation des puces à ADN.

fouragilent

Discovery Ventana
La station d’hybridation Ventana permet l'hybridation automatisée de puces à ADN. Il s’agit d’un système ouvert qui devrait permettre également de réaliser prochainement des hybridations in situ et des marquages immunohistochimiques.

Discovery Ventana

Scanner Agilent
Le scanner Agilent permet l’acquisition d'images de puces ADN fluorescentes.

Scanner Agilent

Pour des quantifications en temps réel :

Light Cycler Roche
Le Light Cycler est un appareil de système d'analyse de PCR en temps réel en capillaire.

lightcycler

RT-PCR Quantitative - TLDA : SDS 7900 HT (Applied Biosystems)
Le SDS 7900 est un système d’analyse de PCR en temps réel, format microplaque 96 ou 384 puits ou format « TLDA », associé à un logiciel d’analyse spécifique.

SDS-7900

De plus, la composante dispose de plusieurs logiciels d’analyse de données biologiques. La suite logicielle proposée couvre en grande partie les besoins d’analyse liés à l’activité transcriptomique : quantification de puces Agilent (Feature Extraction 10.7), visualisation de résultats, gene-ontologie et recherche de réseaux (GeneSpring, Genomatix, Pathway Studio).