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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Site Web de l'Unité Expérimentale PHénotypage Au Champ des Céréales - UE 1375

Développement d'Outils de Phénotypage Maladies

Au sein de l’UE PHACC, cette équipe a une triple mission : 1/ développer des protocoles d’expérimentation adaptés aux conditions pédoclimatiques auvergnates, 2/ contribuer aux expérimentations plein champ maladies (fusarioses) dans le cadre de collaborations avec les équipes de l’UMR GDEC ou de prestations de service, et 3/ développer des d’outils de phénotypage "Maladies" moyen et haut débit, basés sur le traitement d’images numériques contribution pour l’aspect maladies au projet de plateforme Pheno3C)

Missions

1.    Développement de protocoles d’expérimentation adaptés aux conditions pédoclimatiques auvergnates.

Les conditions pédoclimatiques sur le domaine de Crouël ne permettant pas de garantir des observations fiables en attaques naturelles tous les ans, DOPM a donc pour mission de mettre en place des protocoles d’infection artificielle (inoculations par spray, brumisation pilotée par capteurs, …). Les développements méthodologiques prennent en considération les facteurs environnementaux influençant la réponse des génotypes de blé : disponibilité en eau, humidité, précocité, pouvoir pathogène des souches, morphologie du blé, … Ces protocoles, aujourd’hui bien maîtrisés pour la fusariose de l’épi, et en cours d’acquisition pour la septoriose, permettent de garantir une information de qualité, et ce quel que soit l’année et/ou  la précocité du génotype analysé.

 2.    Mise au point d’outil de phénotypage basés sur le traitement d’images numériques.

Les observations maladies sur céréales sont classiquement réalisées par des experts qui attribuent des notes de sensibilité. L’objectif est ici de remplacer l’œil de l’expert par des protocoles d’analyses d’images. Cette approche est un prérequis nécessaire pour le développement d’outils de phénotypage Maladies haut-débit, qui mettront en œuvre nos logiciels de mesure par analyse d’images : Fusanote©, Segépi©, Segfusa©.  À moyen terme, nous nous appliquerons à intégrer des questions de pathologie dans la plateforme de phénotypage haut débit TritiFACE (PIA PHENOME), en cours de construction sur le site de Crouël.

 3.    Réalisation du phénotypage "maladies" plein champ pour l’Unité GDEC.

L’équipe a également pour mission d’accompagner les chercheurs de l’UMR GDEC dans la mise en place des essais nécessitant un phénotypage "maladie" de grande taille et en plein champ (Projet Investissements d’Avenir Breedwheat, projet européen Whealbi).

Projets 2015-2016

R&D :

  • Étude de l’apport de la photographie hyperspectrale dans le phénotypage de précision de la fusariose du blé.
  • Finalisation d’un outil de phénotypage (Fusariose) sur micro parcelles de céréale (blé, orge, triticale) par photographies prises in campo (Véodis3D-Limagrain-AgriObtention-Secobra)

Expérimentation :

  • Phénotypage sous tunnels irrigués, pour les maladies du feuillage, d’une cinquantaine de génotypes de Triticale (CTPS-MAAPRAT 2015-16).
  • Phénotypage en plein champ, pour la fusariose de l’épi, de 500 génotypes de Blé (Whealbi).

Perspectives

  • Etude des relations, maintenant solidement établies, existant entre les réponses à des stress biotiques (maladies) et à des stress abiotiques  (CO², sécheresse, température, …).
  • Evaluation, de paramètres affectant le développement des maladies  impact de la structure du couvert.
  • Prise en compte de la notion de couvert entier, préalable a priori obligatoire pour passer à l'échelle du paysage.