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Depuis 2004, l’UREP a la responsabilité scientifique des sites prairies permanentes du Système d'Observations et d'Expérimentation sur le long terme, pour la Recherche en Environnement « Agroécosystèmes, Cycles Biogéochimiques et Biodiversité » (SOERE ACBB, http://www.soere-acbb.com/) dont l’objectif est d’analyser les effets de la gestion sur la biodiversité et les propriétés des écosystèmes. Le site de Theix, implanté sur prairies permanentes en milieu fertile, se compose de 30 parcelles expérimentales (de 400 à 2200m²) organisées suivant un gradient d’intensité de pâturage (4 traitements, répétés 4 fois, exploitation à fort chargement par des bovins ou à faible chargement par des bovins ou des ovins et témoins non utilisés) ou de régime de fertilisation en gestion fauche (3 traitements, répétés 4 fois, avec restitutions minérales NPK ou PK ou sans restitution). Le site de Laqueuillle est dédié aux mesures de flux atmosphériques. Il comprend deux grandes parcelles (de 2,8 ha et 3,6 ha) gérées en pâturage continu bovin (taux d’utilisation fort ou faible) avec une fertilisation NPK dans le cas du traitement intensif (fort chargement animal). En 2012, ce dernier traitement est entré dans l’infrastructure européenne ICOS (et prochainement dans le consortium NEON à l’échelle mondiale), au niveau 1 (le plus exigeant) impliquant une remise à niveau de l’équipement et des méthodes de traitement des données sur l’ensemble du site pour répondre au cahier des charges. Cela a conduit à l’acquisition de matériels très haut de gamme intégrant les dernières avancées technologiques en matière de mesure de flux de gaz. Les compétences développées par les personnels de l’UREP impliqués ont permis d’obtenir la responsabilité dans le développement d’un laboratoire mobile (Nœud 4 ANAEE-F) permettant la mesure des GES in situ (analyseur N2O 15N, Aerodyne et CO2 / CH4 13C, Picarro).
A l’issue de l’évaluation de l’ORE-ACBB menée en 2009 par le CIO-E (Comité Inter-Organismes Environnement), le dispositif a été labellisé en tant que SOERE et reconduit pour les périodes 2010-2013, puis 2014-2015. Un dossier de labellisation a été déposé auprès d’AllEnvi sur le prochain quinquennal.
Ces sites ont servi de support au cours de la période à plusieurs projets scientifiques : projets Européens FP6 et FP7 (« CarboEurope IP », « NitroEurope IP », « IMECC », « Carbo-Extreme », « GHG Europe » et « Animal Change ») sur les cycles C et N ; projet ECCO PNBC « BIOMOS » sur les mécanismes de stockage de carbone dans le sol ; projets FP7-Multisward, ANR DISCOVER et ECOGER DIVHERBE sur le rôle de la biodiversité pour le fonctionnement de l’écosystème prairial. En vertu de la charte ANAEE-F, à laquelle le SOERE-ACBB a adhéré, les sites « prairie permanente » sont à la disposition de toutes les équipes scientifiques intéressées, sous réserve de l’accord du CS du SOERE et du comité de pilotage ANAEE-F.